Zgodnie z nauką i historią Kościoła sanktuarium jest miejscem szczególnego kultu poświęconym Osobom Trójcy Świętej lub świętym, co wyraża się mi.in. w pielgrzymkach wiernych i otrzymywanych łaskach. Przybywający do sanktuarium starają się czynić pokutę, na modlitwie prosić o wiarę i dziękować za otrzymane już łaski.
Preludium do utworzenia sanktuarium św. Jana Pawła II była konsekracja kościoła pw. św. Piotra i Jana z Dukli przez Papieża podczas pobytu w Krośnie i Dukli 10 czerwca 1997 r. Od tego momentu miejsce to stawało się coraz bardziej pomnikiem Ojca Świętego.
Z czasem od tego wydarzenia wierni i duszpasterze zapragnęli, aby to miejsce jeszcze bardziej związane było z osobą Jana Pawła II. Beatyfikacja oraz kanonizacja Ojca Świętego oraz świadectwa uzdrowień składane w tym miejscu jedynie te pragnienia wzmocniły. Zebrano niemal 10 tys. podpisów wiernych i wraz ze wsparciem samorządu wystosowano prośbę do Ks. Abp Józefa Michalika o ustanowienie w Krośnie Sanktuarium św. Jana Pawła II.
Dnia 13 grudnia 2015 r. – w Roku Miłosierdzia – Metropolita Przemyski Ks. Abp Józef Michalik ogłosił uroczyście powstanie Sanktuarium. Rozpoczął się tym samym nowy rozdział funkcjonowania parafii.
